一、农民专业合作社与相关企业的关系
    农民专业合作社在其生产经营活动过程中，不可避免地会与相关企业发生关系。关系如何摆？一般有三种模式。一是合作社与相关企业构成相对稳定的供需关系；二是相关企业出资成为合作社的“非农民成员”；三是合作社在相关企业参股或将相关企业作为合作社投资兴办的经济实体。归根结底，绝对不能搞“两块牌子、一套人马”，既是合作社，又是公司。
    二、农民专业合作社与地方政府和有关组织的关系
    政府是市场经济的“守夜人”，其主要职责是为经济活动创造良好的环境，而不是直接地、具体地管理经济活动。农民专业合作社则是具体的市场经济主体，村民自治组织是一个村的公共事务管理者，在某种程度上、特定范围内承担起“准政府”的职责。其他有关组织，有的可以依据《合作社法》的要求和自身的职责“对农民专业合作社的建设和发展给予指导、扶持和服务”；有的可以在法律的框架下参与到农民专业合作社。要坚决防止民间组织官办化，防止一些组织恶意侵犯农民专业合作社及其成员的合法利益。
    三、农民专业合作社与“利用其（合作社）提供的服务的非成员”的关系
    在享受合作社提供的生产资料的购买，农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等方面二者应该是完全一致的。并且，从某种角度来讲，还要更优良些。不同的是后者不能参加成员大会，不享有表决权和选举权；不能对合作社实行民主管理；不能分享盈余；不能查阅合作社的章程、成员名册、成员大会或者成员代表大会记录、理事会会议决议、监事会会议决议、财务会计报告和会计帐簿等。
    四、农民专业合作社与生产经营大户的关系
    生产经营大户不论大到什么程度，但只要加入到了合作社之中，就是合作社的普通一员。除了依法取得附加表决权后进行附加表决外，再无特别的权利。
    五、对内服务与对外营利的关系
    二者的统一是农民专业合作社最基本的要求。农民专业合作社一方面要为成员提供法律第二条第二款规定的各项服务，另一方面要在设立登记时核定的经营范围内从事经营活动，追求利润最大化。
    六、统一经营与分散生产的关系
    “统分结合”的双层经营体制，是现阶段我国农村的基本经营制度；统一经营与分散生产的结合，是农民专业合作社最显著的标志。农民专业合作社既不能像“人民公社”、公司制企业那样只有“统”没有“分”，也不能像上个世纪八十年代初，刚刚实行家庭联产承包责任制时那样只有“分”，没有“统”。应该根据各自产业特征，理清整个产业链条中哪些环节应该“分”，哪些环节应该“统”，宜“统”则“统”，宜“分”则“分”，并根据自身经营管理水平的不断提高，不断扩大“统”的范围，增强“统”的功能。
    七、基本表决权与附加表决权的关系
    农民专业合作社的表决实行“一人一票”制，任何成员不论大小、强弱、贫富都享有一票基本表决权。但是，出资额或者与合作社交易量（额）较大的成员按照章程规定，可以享有附加表决权。关于附加表决权的数量、范围和时段上的限制，章程应予以明确。
    八、按劳分配与按资分配的关系
    农民专业合作社本质是一种劳动者的联合组织，俗称“劳合组织”。但是，为了统一经营服务的需要，又不可避免地带有资本联合的色彩。因此，进行可分配盈余的分配时，应该坚持以按劳分配为主、按资分配为辅的原则。《合作社法》第三十七条明确规定，按成员与本社的交易量（额）“返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十”。
    九、销售收入、经营收入、经营纯收益、可分配盈余之间的关系
    销售收入主要包括三大块。一是统一组织销售农产品总值；二是统一组织购买农业生产投入品总值；三是开展技术、信息等有偿服务的收入。
    经营收入又称总收入，是销售收入减去应该付给农民、厂家的货款和开展技术信息服务的人员工资物资等成本的剩余部分。
    经营纯收益又称盈余，即总收入减去总支出的剩余部分。
    可分配盈余是指经营纯收益在弥补亏损、提取公积金后的剩余部分。
    十、公积金和公益金的关系
    为防范经营风险，扩大生产规模，农民专业合作社需要提取一定比例的公积金，但不必提取公益金。
    原来的企业提取公益金，那是计划经济的产物，随着市场经济体制的不断建立，教育、卫生、住房等制度改革的不断到位，企业不再“办社会”，企业公益金的功能正逐渐弱化。2006年颁布实施的《中华人民共和国公司法》已取消了有关公益金的条款；《中华人民共和国农民专业合作社法》对此也只字未提。

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